پیوند ها
قسمتی از متن :
1
Probing genomic diversity and evolution of Escherichia coli O157 by single nucleotide polymorphisms
Wei Zhang1,5,1, Weihong Qi2, Thomas J. Albert3, Alifiya S. Motiwala4, David Alland4, Eija K. Hyytia-Trees1, Efrain M. Ribot1, Patricia I. Fields1, Thomas S. Whittam2 and Bala Swaminathan1
1 Foodborne and Diarrheal Diseases Branch, National Center for Infectious Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia 30333, USA; , 2 Microbial Evolution Laboratory, National Food Safety and Toxicology Center, Michigan State University, East Lansing, Michigan 48824, USA; , 3 NimbleGen Systems Inc., Madison, Wisconsin 53711, USA; , 4 Division of Infectious Diseases, New Jersey Medical School, University of Medicine and Dentistry of New Jersey, Newark, New Jersey 07103, USA
ABSTRACT
Infections by Shiga toxin-producing Escherichia coli O157:H7 (STEC O157) are the predominant cause of bloody diarrhea and hemolytic uremic syndrome in the United States. In silico comparison of the two complete STEC O157 genomes (Sakai and EDL933) revealed a strikingly high level of sequence identity in orthologous protein-coding genes, limiting the use of nucleotide sequences to study the evolution and epidemiology of this bacterial pathogen. To systematically examine single nucleotide polymorphisms (SNPs) at a genome scale, we designed comparative genome sequencing microarrays and analyzed 1199 chromosomal genes (a total of 1,167,948 bp) and 92,721 bp of the large virulence plasmid (pO157) of eleven outbreak-associated STEC O157 strains. We discovered 906 SNPs in 523 chromosomal genes and observed a high level of DNA polymorphisms among the pO157 plasmids. Based on a uniform rate of synonymous substitution for Escherichia coli and Salmonella enterica (4.7 x 10–9 per site per year), we estimate that the most recent common ancestor of the contemporary -glucuronidase-negative, non-sorbitolfermenting STEC O157 strains existed ca. 40 thousand years ago. The phylogeny of the STEC O157 strains based on the informative synonymous SNPs was compared to the maximum parsimony trees inferred from pulsed-field gel electrophoresis and multilocus variable numbers of tandem repeats analysis. The topological discrepancies indicate that, in contrast to the synonymous mutations, parts of STEC O157 genomes have evolved through different mechanisms with highly variable divergence rates. The SNP loci reported
2
here will provide useful genetic markers for developing high-throughput methods for fine-resolution genotyping of STEC O157. Functional characterization of nucleotide polymorphisms should shed new insights on the evolution, epidemiology, and pathogenesis of STEC O157 and related pathogens.
Shiga toxin-producing Escherichia coli O157:H7 (STEC O157) can cause severe enteric infections. Symptoms may include abdominal pain, bloody diarrhea, hemorrhagic colitis, and hemolytic uremic syndrome (HUS) (Griffin and Tauxe 1991; Feng 1995). Numerous sporadic infections and outbreaks caused by STEC O157 have been reported in the United States and worldwide (Griffin and Tauxe 1991; Mead and Griffin 1998). The majority of STEC O157 infections are foodborne; many are associated with bovine sources (Feng 1995; Kim et al. 1999). STEC O157 was first linked to outbreaks of severe bloody diarrhea in 1982, and is often referred to as a "recently emerged" human pathogen (Griffin and Tauxe 1991; Bitzan et al. 1993).
Strains of STEC O157 from clinical and bovine sources have been shown to be genotypically diverse by a variety of molecular subtyping methods, including pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) (Noller et al. 2003b), octamer-based genome scanning (Kim et al. 1999), and multilocus variable number of tandem repeats analysis (MLVA) (Noller et al. 2003a). Studies of prophage and prophage remnants in STEC O157 strains have suggested that such genotypic diversity is largely attributable to bacteriophage-related insertions, deletions, and duplications of variable sizes of DNA fragments (Kudva et al. 2002; Ohnishi et al. 2002; Shaikh and Tarr 2003). In contrast to phageborne diversity, orthologous protein-coding genes in STEC O157 populations exhibit extremely low levels of polymorphism (overall nucleotide sequence identity >99.9%) as shown by in silico comparison of the two complete STEC O157 genomes (Hayashi et al. 2001; Perna et al. 2001) and multilocus sequence typing (MLST) analysis of diverse sets of STEC O157 strains (Noller et al. 2003b; Foley et al. 2004). Based on the limited sequence data available, it is not clear to what extent single nucleotide polymorphisms (SNPs) in protein-coding genes contribute to the overall genomic diversity of STEC O157 population.
Previous phylogenetic studies have inferred a stepwise evolutionary model that STEC O157 strains descended from an O55:H7-like enteropathogenic ancestor by acquisition of bacteriophage-derived Shiga toxins (Stx1 and/or Stx2), a large virulence plasmid (pO157), and the
تصاویری از چند صفحه نخست فایل :
توجه فرمایید بدلیل تهیه ی تصویر با نرم افزار های خارجی متن نمایش داده شده در تصاویر ممکن است دارای اشکالاتی در نمایش برخی حروف باشد که در فایل اصلی بدون مشکل است
مبلغ قابل پرداخت 13,000 تومان
برچسب های مهم
فارسی ساز Dragons Dogma 2 آموزش نصب : https://parsiteamsite.ir/product13/dd2/index.html ... ...
کتاب صوتی حقوق بین الملل عمومی تدوین جدید ضیایی بیگدلی ... ...
به اطلاع علاقهمندان به تاریخ هنر میرسانیم که فایل PDF با عنوان «هنر پارتی و ساسانی» از نویسنده ماریوبوسایلی و امیرتوشراتو منتشر شده است. این اثر به تحلیل عمیق و مستند هنر و فرهنگ در دوران پارتی و ساسانی میپردازد. مطالعه این اثر میتواند افقهای جدیدی را در درک ... ...
کتاب رمان تجاوز قانونی برندۀ جایزۀ یومیوری نویسنده: کوبو آبه مترجم: علی قادری حجم فایل: ۲مگابایت تعداد صفحات: ۱۷۷ آبه، پیرو واقعی پو و کافکا، خالق آثاری است که در جایجای آنها شاهد تکانهای غیرمنتظره هستیم.نیویورکر بنامترین و بزرگترین نویسندۀ ژاپنی در خلق ... ...
فایل "کله پوک ها.pdf" به بررسی عمیق پدیدههای روانشناختی و اجتماعی مرتبط با تفکر سطحی و عوامزدگی میپردازد. این اثر میتواند به ما در درک بهتر رفتارهای انسانی و چالشهای فکری کمک کند. مطالعه چنین مطالبی، همواره ما را به سوی دانایی بیشتر هدایت میکند. #شناخت ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری بیوشیمی بالینی با پاسخنامه از سال 1394 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته بیوشیمی بالینی سال 1394 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته بیوشیمی بالینی سال 1395 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته ... ...
کتاب آن اصلِ کاری حقایقی ساده اما حیرتانگیز که پشت نتایج فوقالعاده پنهان هستند!. حاشیۀ متن صفحات این کتابِ بسیار ارزشمند، اندک است اما بسیار خوانا میباشد و در گوشی همراه ممکن است نیاز باشد که صفحه را چرخش دهید تا بر مطالب، تسلط بهتر داشته باشید. نویسنده: گری کلر و جی ... ...
نقشه معماری مسکونی 153 متری ،عرض ساخت 10 متر طول کل ساخت 15.3 متر ولی مساحت مفید این مسکونی 153 متر هست این پلان دو خوابه طراحی شده که هر دو اتاق خواب معمولیه با ابعاد مناسب و با در نظر گرفتن فضای مناسب برای کمد دیواری درب اتاق خوابها در فضای خصوصی و بدون دید از طرف ... ...
کتابِ از فروغالسلطنه تا انیسالدوله نویسندگان: خسرو معتضد و دکتر ابوالقاسم تفضلی حجم فایل: ۸.۶مگابایت تعداد صفحات: ۶۷۴ ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری اپیدمیولوژی با پاسخنامه از سال 1394 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته اپیدمیولوژی سال 1394 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته اپیدمیولوژی سال 1395 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته اپیدمیولوژی ... ...
فایل کامل پاورپوینت همانندسازی DNA (87 اسلاید) — در یوکاریوت، پروکاریوت، روش حلقه چرخان، همانند سازی تلومر و تنظیم همانندسازی. این بسته شامل دو فایل پاورپوینت حرفهای (مجموعاً 87 اسلاید) درباره همانندسازی DNA در موجودات یوکاریوتی و پروکاریوتی است، به همراه روش حلقه چرخان ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری زیست پزشکی سامانه ای با پاسخنامه از سال 1396 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته زیست پزشکی سامانه ای سال 1396 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته زیست پزشکی سامانه ای سال 1397 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات ... ...
نویسنده: اعضای کارگروه تلفيق نتايج مطالعات نظری با پشتيبانی دبيرخانة شــورای عالی آموزش وپرورش معرفی مفاد اين مجموعه طی جلســات ٨٠١ تا ٨٠٨» شــورای عالی آموزش وپرورش»(در مشهد مقدس، از ٢٩بهمن تا اول اســفند ١٣٨٨ )مورد بررسی و تأييد ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری سالمند شناسی با پاسخنامه از سال 1394 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته سالمند شناسی سال 1394 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته سالمند شناسی سال 1395 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته سالمند ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری کاردرمانی با پاسخنامه از سال 1394 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته کاردرمانی سال 1394 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته کاردرمانی سال 1395 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته کاردرمانی سال 1396 ... ...
کتاب تاریخ بلعمی دو جلدی به تصحیح محمدتقی بهار "ملکالشعراء" مؤلف: ابوجعفرمحمد طبری حجم فایل: ۲۲مگابایت تعداد صفحات: ۷۳۶ + ۶۳۲ ... ...
کمیاب کتاب : مسائل نوجوانان و جوانان مولف : افسانه نراقی زاده تعداد صفحات : فصل اول (111 ص) فرمت فایل : pdf قابل سرچ ... ...
کتاب هـنر زندگی مراقبهٔ ویپاسانا مطابق با آموزشهای س.ن.گویانکا نویسنده: ویلیام هارت ترجمه توسط گروه مترجمین حجم فایل: ۱.۵مگابایت تعداد صفحات: ۱۳۸ ... ...
کتاب دانشمندان بزرگ جهان علم مترجم: محمود مصاحب حجم فایل: ۸.۲مگابایت تعداد صفحات: ۴۱۱ ... ...
کتاب رام کردن ذهن سرکش نویسنده: فیث جی.هارپر مترجم: پگاه ملکیان حجم فایل: ۱۵.۸مگابایت تعداد صفحات: ۲۲۰ ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری مدیریت و اقتصاد با پاسخنامه از سال 1394 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته مدیریت و اقتصاد سال 1394 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته مدیریت و اقتصاد سال 1395 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری طب سوزنی با پاسخنامه از سال 1399 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته طب سوزنی سال 1399 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته طب سوزنی سال 1400 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته طب سوزنی سال 1401 ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری علوم تغذیه با پاسخنامه از سال 1394 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته علوم تغذیه سال 1394 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته علوم تغذیه سال 1395 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته علوم تغذیه سال ... ...
کتاب سن عقل نویسنده: ژان پل سارتر مترجم: منوچهر کیا حجم فایل: ۵.۷مگابایت تعداد صفحات: ۴۱۱ ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری کتابداری پزشکی با پاسخنامه از سال 1394 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته کتابداری پزشکی سال 1394 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته کتابداری پزشکی سال 1395 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری بیومدیکال مقایسه ای با پاسخنامه از سال 1398 تا 1403 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته بیومدیکال مقایسه ای سال 1398 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته بیومدیکال مقایسه ای سال 1399 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات ... ...
دانلود سوالات آزمون دکتری مدیریت مالی با پاسخنامه از سال 1396 تا 1404 دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته مدیریت مالی سال 1396 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته مدیریت مالی سال 1397 (با پاسخنامه) دانلود دفترچه سوالات آزمون دکتری رشته مدیریت مالی ... ...