پیوند ها
قسمتی از متن :
1
Probing genomic diversity and evolution of Escherichia coli O157 by single nucleotide polymorphisms
Wei Zhang1,5,1, Weihong Qi2, Thomas J. Albert3, Alifiya S. Motiwala4, David Alland4, Eija K. Hyytia-Trees1, Efrain M. Ribot1, Patricia I. Fields1, Thomas S. Whittam2 and Bala Swaminathan1
1 Foodborne and Diarrheal Diseases Branch, National Center for Infectious Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia 30333, USA; , 2 Microbial Evolution Laboratory, National Food Safety and Toxicology Center, Michigan State University, East Lansing, Michigan 48824, USA; , 3 NimbleGen Systems Inc., Madison, Wisconsin 53711, USA; , 4 Division of Infectious Diseases, New Jersey Medical School, University of Medicine and Dentistry of New Jersey, Newark, New Jersey 07103, USA
ABSTRACT
Infections by Shiga toxin-producing Escherichia coli O157:H7 (STEC O157) are the predominant cause of bloody diarrhea and hemolytic uremic syndrome in the United States. In silico comparison of the two complete STEC O157 genomes (Sakai and EDL933) revealed a strikingly high level of sequence identity in orthologous protein-coding genes, limiting the use of nucleotide sequences to study the evolution and epidemiology of this bacterial pathogen. To systematically examine single nucleotide polymorphisms (SNPs) at a genome scale, we designed comparative genome sequencing microarrays and analyzed 1199 chromosomal genes (a total of 1,167,948 bp) and 92,721 bp of the large virulence plasmid (pO157) of eleven outbreak-associated STEC O157 strains. We discovered 906 SNPs in 523 chromosomal genes and observed a high level of DNA polymorphisms among the pO157 plasmids. Based on a uniform rate of synonymous substitution for Escherichia coli and Salmonella enterica (4.7 x 10–9 per site per year), we estimate that the most recent common ancestor of the contemporary -glucuronidase-negative, non-sorbitolfermenting STEC O157 strains existed ca. 40 thousand years ago. The phylogeny of the STEC O157 strains based on the informative synonymous SNPs was compared to the maximum parsimony trees inferred from pulsed-field gel electrophoresis and multilocus variable numbers of tandem repeats analysis. The topological discrepancies indicate that, in contrast to the synonymous mutations, parts of STEC O157 genomes have evolved through different mechanisms with highly variable divergence rates. The SNP loci reported
2
here will provide useful genetic markers for developing high-throughput methods for fine-resolution genotyping of STEC O157. Functional characterization of nucleotide polymorphisms should shed new insights on the evolution, epidemiology, and pathogenesis of STEC O157 and related pathogens.
Shiga toxin-producing Escherichia coli O157:H7 (STEC O157) can cause severe enteric infections. Symptoms may include abdominal pain, bloody diarrhea, hemorrhagic colitis, and hemolytic uremic syndrome (HUS) (Griffin and Tauxe 1991; Feng 1995). Numerous sporadic infections and outbreaks caused by STEC O157 have been reported in the United States and worldwide (Griffin and Tauxe 1991; Mead and Griffin 1998). The majority of STEC O157 infections are foodborne; many are associated with bovine sources (Feng 1995; Kim et al. 1999). STEC O157 was first linked to outbreaks of severe bloody diarrhea in 1982, and is often referred to as a "recently emerged" human pathogen (Griffin and Tauxe 1991; Bitzan et al. 1993).
Strains of STEC O157 from clinical and bovine sources have been shown to be genotypically diverse by a variety of molecular subtyping methods, including pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) (Noller et al. 2003b), octamer-based genome scanning (Kim et al. 1999), and multilocus variable number of tandem repeats analysis (MLVA) (Noller et al. 2003a). Studies of prophage and prophage remnants in STEC O157 strains have suggested that such genotypic diversity is largely attributable to bacteriophage-related insertions, deletions, and duplications of variable sizes of DNA fragments (Kudva et al. 2002; Ohnishi et al. 2002; Shaikh and Tarr 2003). In contrast to phageborne diversity, orthologous protein-coding genes in STEC O157 populations exhibit extremely low levels of polymorphism (overall nucleotide sequence identity >99.9%) as shown by in silico comparison of the two complete STEC O157 genomes (Hayashi et al. 2001; Perna et al. 2001) and multilocus sequence typing (MLST) analysis of diverse sets of STEC O157 strains (Noller et al. 2003b; Foley et al. 2004). Based on the limited sequence data available, it is not clear to what extent single nucleotide polymorphisms (SNPs) in protein-coding genes contribute to the overall genomic diversity of STEC O157 population.
Previous phylogenetic studies have inferred a stepwise evolutionary model that STEC O157 strains descended from an O55:H7-like enteropathogenic ancestor by acquisition of bacteriophage-derived Shiga toxins (Stx1 and/or Stx2), a large virulence plasmid (pO157), and the
تصاویری از چند صفحه نخست فایل :
توجه فرمایید بدلیل تهیه ی تصویر با نرم افزار های خارجی متن نمایش داده شده در تصاویر ممکن است دارای اشکالاتی در نمایش برخی حروف باشد که در فایل اصلی بدون مشکل است
مبلغ قابل پرداخت 13,000 تومان
برچسب های مهم
دانلود فایلهای بسته آمادهچاپ و نصب تابلو اعلانات مسجدنما همیشه دنبال این بودی یه جایی باشه تا راحت بتونی محتوای مطمئن با طراحی خوب را پیدا کنی؟ همیشه دنبال این بودی یکی کارهای محتوایی را ناظر به مسائل روز انجام بده و دغدغه تأمین محتوا را نداشته باشی؟ همیشه دوست داشتی ... ...
دانلود فایلهای بسته آمادهچاپ و نصب تابلو اعلانات مسجدنما همیشه دنبال این بودی یه جایی باشه تا راحت بتونی محتوای مطمئن با طراحی خوب را پیدا کنی؟ همیشه دنبال این بودی یکی کارهای محتوایی را ناظر به مسائل روز انجام بده و دغدغه تأمین محتوا را نداشته باشی؟ همیشه ... ...
دانلود فایلهای بسته آمادهچاپ و نصب تابلو اعلانات مسجدنما همیشه دنبال این بودی یه جایی باشه تا راحت بتونی محتوای مطمئن با طراحی خوب را پیدا کنی؟ همیشه دنبال این بودی یکی کارهای محتوایی را ناظر به مسائل روز انجام بده و دغدغه تأمین محتوا را نداشته باشی؟ همیشه ... ...
دانلود فایلهای بسته آمادهچاپ و نصب تابلو اعلانات مسجدنما همیشه دنبال این بودی یه جایی باشه تا راحت بتونی محتوای مطمئن با طراحی خوب را پیدا کنی؟ همیشه دنبال این بودی یکی کارهای محتوایی را ناظر به مسائل روز انجام بده و دغدغه تأمین محتوا را نداشته باشی؟ همیشه ... ...
مجموعه 2 عددی طرح معرق خانه شامل 2 طرح معرق خانه: 1.طرح معرق خانه ویلا سلطنتی 2.طرح معرق خانه گوتیک دارای راهنمای اسمبل قطعات ابتدا نقشه ها را چاپ کرده و سپس به روی تخته انتقال داده و برش زده و با توجه به شماره گذاری قطعات و همچنین شکل کامل شده آن ، آنها را به هم ... ...
دانلود فایلهای بسته آمادهچاپ و نصب تابلو اعلانات مسجدنما همیشه دنبال این بودی یه جایی باشه تا راحت بتونی محتوای مطمئن با طراحی خوب را پیدا کنی؟ همیشه دنبال این بودی یکی کارهای محتوایی را ناظر به مسائل روز انجام بده و دغدغه تأمین محتوا را نداشته باشی؟ همیشه ... ...
عنوان مبحث: سوالات نهاد مبحث دانش خانواده و جمعیت (بخش اول) همراه با پاسخ شامل: 9 جلسه تعداد صفحات: 11 سوالات و جواب ها بصورت تایپ شده با فونت استاندارد می باشد که قابلیت سرچ در زمان آزمون را دارد سوالات ترم جدید همراه با پاسخ برای نمره 19 به بالا فرمت: pdf ... ...
کتاب صوتی کتاب_واپسین_گفتار ( یا عالم اوراسینا) ازاسپالدینگ_نویسنده_کتاب_معبدسکوت ... ...
عنوان مبحث: سوالات نهاد مبحث اسلام، مردم و ولایت از دیدگاه امام خمینی همراه با پاسخ شامل: 3 جلسه تعداد صفحات: 3 سوالات و جواب ها بصورت تایپ شده با فونت استاندارد می باشد که قابلیت سرچ در زمان آزمون را دارد سوالات ترم جدید همراه با پاسخ برای نمره 20 فرمت: ... ...
عنوان پاورپوینت: دانلود پاورپوینت اثرات روانی خنده درمانی فرمت: پاورپوینت قابل ویرایشتعداد اسلاید: 20پاورپوینت آماده ارائهفهرست مطالب:مقدمهخنده درمانی چیستاهمیت لبخندآثار مثبت خندیدنفواید جسمانی خنده و... ... ...
پاورپوینت کامل فصل سوم ریاضی چهارم ضرب و تقسیم(همراه با حل تمارین) این محصول قابل ویرایش با فرمت pptx در 68 اسلاید آماده و قابل ارایه می باشد. در صورت شخصی سازی میتونین به واتس آپ شماره ای که زیر درج شده پیام بدین واستون اوکی میکنیم مزایای استفاده از ... ...
سکس آنان كه با سكس مخالف هستند زودتر به انزال میرسند، زیرا ذهن منقبض آنان عجله دارد تا از شر آن خلاص شود. پژوهشهای معاصر چیزهای بسیار تعجبآوری را میگویند، حقایق شگفتآور. برای نخستین بار، مسترز و جانسون Masters and Johnson در مورد آمیزش عمیق جنسی مطالعه علمی انجام ... ...
دانلود فایلهای بسته آمادهچاپ و نصب تابلو اعلانات مسجدنما همیشه دنبال این بودی یه جایی باشه تا راحت بتونی محتوای مطمئن با طراحی خوب را پیدا کنی؟ همیشه دنبال این بودی یکی کارهای محتوایی را ناظر به مسائل روز انجام بده و دغدغه تأمین محتوا را نداشته باشی؟ همیشه ... ...
دانلود آزمون هوش وکسلر کودکان| راهنمای اجرا، نمره گذاری و تفسیر و نکات + نمونه جرا شده و فرم های پرسشنامه مجموعه فایل pdf-word-ppt مجموعه فایلهای کاربردی در زمینه آزمون هوش وکسلر کودکان برای شما کاربر گرامی گردآوری شده است. این مجموعه شامل 14 فایل مختلف با فرمت های ppt , ... ...
تعداد صفحات: 11 نوع فایل: WORD + فایل هدیه: نمونه مصاحبه تشخیصی افسردگی و اعتیاد (8صفحه) فهرست مطالب: شرح حال (مشخصات، علت ارجاع، شکایت عمده، مشکلات موجود و ...) معاینه وضعیت روانی تشخیص مصاحبه بخشی از متن فایل: م: خوابت چطوره؟ ب: زیاد خوب نیست، اگار ... ...
عنوان پاورپوینت: دانلود پاورپوینت کیست هموراژیک تخمدان و درمان آن فرمت: پاورپوینت قابل ویرایشتعداد اسلاید: 27پاورپوینت آماده ارائهفهرست مطالب:مقدمهکیست تخمدان هموراژیک چیستانواع کیست هموراژیککیستهای فولیکولارکیستهای لوتئالعلائم کیست هموراژیک علت کیست هموراژیک عوارض کیست ... ...
دانلود پاورپوینت در مورد [سلول های بنیادی] - شامل 4 فایل مختلف - قابل ویرایش و ارائه - ppt شامل 4 فایل پاورپوینت سلول های بنیادین به زبان ساده: 1. 33 اسلاید: تاریخچه سلول های بنیادی / تعریف سلول های بنیادی / ویژگی های سلول های بنیادی / گونه های سلول بنیادی / انواع سلول ... ...
عنوان پاورپوینت درسی: دانلود پاورپوینت بازسازی ویرانه ها درس 22 مطالعات اجتماعی پایه پنجم فرمت: پاورپوینت ppt تعداد اسلاید: 19 پاورپوینت قابل ویرایش با محیط حرفه ای منطبق با آخرین تغییرات مطالب و رئوس کتاب درسیبکارگریی افکت ها، تصاویر و اشکال متحرک بسیار ... ...
این فایل پاسخ تمامی سوالات مبحث ازدواج آری یا خیر؟ (آنچه قبل از ازدواج باید بدانیم - بخش دوم) می باشد. تعداد جلسات : 4 فایل منطبق با اخرین تغییرات سوالات می باشد و با استفاده از آن نمره 20 را در همه جلسات این آزمون کسب خواهید کرد . ... ...
عنوان پاورپوینت: پاورپوینت بازی زندگی است درس 17 تفکر و سواد رسانه ای پایه دهم فرمت: پاورپوینت pptتعداد اسلاید: 26 پوشش کامل درس همراه با پاسخ فعالیت ها پاورپوینت قابل ویرایش با محیط حرفه ای منطبق با آخرین تغییرات مطالب و رئوس کتاب درسی فونت ... ...
دانلود مجموعه 4 عددی طرح جنگنده شامل 4 طرح معرق جنگنده : 1. طرح معرق جنگنده تایفون 2.طرح معرق جنگنده چند منظوره 3.طرح معرق جنگنده حامل 4.طرح معرق جنگنده هریر دارای راهنمای اسمبل قطعات ابتدا نقشه ها را چاپ کرده و سپس به روی تخته انتقال داده و برش زده و با توجه به ... ...
دانلود حل المسائل [طراحی و تحلیل آزمایش]: ویرایش هشتم - داگلاس مونتگومری ( 8 ) - زبان انگلیسی - pdf Solutions Manual for Design and Analysis of Experiments – 8th حل تمرین های کتاب طراحی و تحلیل آزمایش ویرایش 8 فصل های 2 تا 15 814 صفحه pdf ... ...
دانلود نظریه زبانها و اتوماتا و حل المسائل | ویرایش پنجم (انگلیسی) + جزوات فارسی مختلف و نمونه سوال با جواب (پیام نور) فایل فشرده دانلودی شامل 3 بخش است: 1. متن کتاب و حل المسائل نظریه زبانها و اتوماتا (ماشینها) - پیتر لینز به زبان اصلی کتاب انگلیسی: 427 صفحه حل المسائل ... ...
دانلود حل المسائل کتاب انتقال حرارت هدایتی دیوید هان و نجاتی اوزیشیک David Hahn تعداد صفحات : 574 فرمت: PDF + دستنویس زبان: لاتین ویرایش: سوم عنوان لاتین: Heat Conduction نویسندگان: دیوید هان و نجاتی اوزیشیک David Hahn - Necati Ozisik این حل المسائل، کل فصل های ... ...
نوع فایل: power point فرمت فایل: ppt and pptx قابل ویرایش 12 اسلاید قسمتی از متن پاورپوینت: بخش 18 تعیین نوع کسب و کار کسب و کاربه تمامی فعالیت های تولیدی، خدماتی، خرید و فروش کالا ها با هدف سودآوری، کسب و کار گویند. فروش و انتقال کالا ها و ... ...
نوع فایل: power point فرمت فایل: pptx قابل ویرایش تعداد اسلایدها: 43 اسلاید تصویری از پاورپوینت: این پاورپوینت آموزشی، جذاب، قابل ویرایش، کاملا منطبق با کتب درسی و با تعداد اسلاید ذکر شده تهیه و تنظیم شده است. با بکارگیری نمودار ها ، تصاویر جالب و جذاب و دسته ... ...
طرح معرق کشتی هانسیاتیک دارای راهنمای اسمبل قطعات ابتدا نقشه ها را چاپ کرده و سپس به روی تخته انتقال داده و برش زده و با توجه به شماره گذاری قطعات و همچنین شکل کامل شده آن ، آنها را به هم وصل کنید. در دو فرمت : jpg و PDF تعداد صفحه :4 عدد ... ...
حل المسائل کتاب معادلات دیفرانسیل و مسائل مقدار مرزی دیپریما و بویس ویرایش نهم William Boyce تعداد صفحات: 752 فرمت: PDF زبان: لاتین ویرایش: نهم عنوان لاتین: Elementary Differential Equations and Boundary Value نویسندگان: ریچارد دیپریما و ویلیام بویس William Boyce, ... ...
لینک دانلود و خرید پایین توضیحات دسته بندی : پاورپوینت نوع فایل : .pptx (قابل ويرايش و آماده پرينت) تعداد اسلاید : 85 اسلاید بسمالله الرحمن الرحيم اشنایی با مهندسي خلاقيت TRIZ دانش خلاقيت شناسي و:TRIZ دانش پيشگام عصر خلاقيت ونوآوري دنياي امروز : عصر خلاقيت و ... ...